Al amparo del decreto Nº29 de 29 de mayo de 1935, se realizó en la noche del 7 de octubre del mismo año, el acto solemne mediante el cual se inauguraba la Universidad Nacional de Panamá, y se iniciaba una etapa histórica en el campo cultural, educativo y social de la República. Correspondió al Dr. Harmodio Arias Madrid, firmar el decreto que dio vida a la Universidad de Panamá, siendo designado como su Primer Rector el Dr. Octavio Méndez Pereira.
El Colegio de Filosofía y Letras –que formaba parte de una estructura universitaria básica que incluía los Colegios de Agrimensura, de Ciencias Políticas y Economía, de Derecho y de Farmacia y Matemática- es el antecedente de la Facultad de Humanidades.
En 1937, se crean las Facultades, entre ellas las de Humanidades y de Educación. Las funciones de ambas Facultades, se diferencian hasta 1939, a pesar de la incorporación de la Facultad de Educación, en 1937, a las especialidades que brindaba la Facultad de Humanidades. El título de profesor de Pedagogía. Únicamente podía ser extendido a personas que previamente hubiesen obtenido la Licenciatura en Humanidades. Esta situación se mantiene hasta 1939. A partir de este año, debido a las necesidades siempre crecientes de más profesores en el país, la Facultad de Humanidades se encamina a formar exclusivamente profesores de segunda enseñanza. La Licenciatura fue un lujo que durante este tiempo algunos quisieron y lograron obtener.
En 1954, la Facultad adquiere el nombre de Facultad de Filosofía, Letras y Educación, denominación que se consideró más adecuada para designar el conjunto de ciencias y disciplinas afines que se impartían en este organismo académico.
La evolución interna de esta Facultad expresa su momento crítico en 1954, cuando se vuelve a exigir la Licenciatura para obtener el título de Profesor de Segunda Enseñanza. A partir de entonces, la transformación sufrida por la Facultad de Filosofía, Letras y Educación ha sido gradual. Para 1984, se separa de ella la Facultad de Comunicación Social y en 1985, se separa la Escuela de Educación para constituirse en Facultad.
Con la transformación de las dos escuelas en Facultades, la Facultad de Filosofía, Letras y Educación retorna, en 1985, a su nombre original: Facultad de Humanidades. En el año 2006, la Escuela de Psicología se retira de la Facultad para convertirse en la Facultad de Psicología. Todos estos movimientos han sido el resultado de intentos por organizar cada vez mejor la estructura universitaria, pero consideramos que aún falta un largo camino para llegar a una fórmula justa entre planes y programas de estudios y necesidades nacionales.
El primer edificio de la Facultad, llamado hoy Edificio Viejo, fue por varios años el corazón de toda la Universidad, en lo que se conoce como Campus Octavio Méndez Pereira. Allí permanece el Paraninfo Universitario. Hoy la Facultad administra, además, el llamado Edificio Nuevo, aunque la carrera de Educación Física ha sido reubicada en el Campus Harmodio Arias Madrid, en Curundu.
